Bordeando el río Salado, Santo Tomé integra el departamento La Capital situado en el centro este de la provincia de Santa Fe. Esta ubicación geográfica estratégica ha hecho de la ciudad un nudo de comunicaciones vinculante de norte y sur, y de este y oeste, procurándole una concurrencia permanente, un gran movimiento urbano, un reconocimiento turístico y un atractivo para la radicación de empresas e industrias.
La ciudad está ubicada en el cruce de las rutas nacionales Nº 11 y Nº 19, hoy transformada en Autovía, y rodeada por la Autopista Brigadier López que une Santa Fe con Rosario.
Otro aspecto a resaltar de esta localización es la existencia de una gran infraestructura de servicios: un aeropuerto situado a sólo 5 km, el paso del ferrocarril, conexión con el futuro puerto de Santa Fe, una adecuada zonificación urbana y de servicios, y la proximidad a un parque industrial y otro tecnológico.
En Santo Tomé, como en otras ciudades de la región centro de la provincia, confluye todo el tráfico nacional e internacional que decide transitar por el corredor bioceánico central entre Brasil y Chile, atravesando las regiones Centro y Cuyo.
